Contas de seleção de DNA do Hieff Ngs ™
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Contas de seleção de DNA do Hieff Ngs ™
As esferas de seleção de DNA Hieff NGS™ são preparadas com base no princípio SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization) e são aplicáveis ​​para purificação de DNA e seleção de tamanho durante a preparação de bibliotecas de sequenciamento de próxima geração (NGS). As esferas de seleção de DNA Hieff NGS™ são compatíveis com vários kits de preparação de bibliotecas de DNA e RNA e são uma boa alternativa de Contas AMPure. Componentes Componentes No. Nome 12601ES08 12601ES56 12601ES75 12601 Contas de seleção de DNA Hieff NGS™ 5 mL 60 mL 450...

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Contas de seleção de DNA do Hieff Ngs ™

YeasenSku: 12601ES03
Tamanho: 1mL
Preço:
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As esferas de seleção de DNA Hieff NGS™ são preparadas com base no princípio SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization) e são aplicáveis ​​para purificação de DNA e seleção de tamanho durante a preparação de bibliotecas de sequenciamento de próxima geração (NGS). As esferas de seleção de DNA Hieff NGS™ são compatíveis com vários kits de preparação de bibliotecas de DNA e RNA e são uma boa alternativa de Contas AMPure.

Componentes

Componentes No. Nome 12601ES08 12601ES56 12601ES75
12601 Contas de seleção de DNA Hieff NGS™ 5 mL 60 mL 450 mL

Especificações

Linha de produtos Contas de limpeza e seleção de DNA
Matéria-prima inicial ADN
Compatibilidade ADN
Tecnologia de isolamento Conta magnética
Tipo de produto final ADN
Para uso com (aplicativo) DNA celan up, seleção de tamanho de DNA

Envio e armazenamento

As contas são enviadas com bolsas de gelo e podem ser armazenadas entre 2°C e 8°C por um ano.

Instruções

  • 1. Preparação

Equilibre as esferas de seleção em temperatura ambiente por pelo menos 30 minutos antes de usar.

  • 2. Seleção do tamanho do DNA

O fluxo de operação de seleção de tamanho é mostrado na Figura 1 e o protocolo é o seguinte.

Figura 1. Fluxograma de seleção do tamanho do DNA

2.1 Misture bem as contas agitando ou pipetando para cima e para baixo sempre antes de usar.
2.2 Adicione a primeira rodada de esferas de seleção à amostra (consulte a Tabela 1). Misture bem agitando ou pipetando para cima e para baixo pelo menos 10 vezes.
2.3 Incube em temperatura ambiente por 5 min.
2.4 Centrifugue o tubo brevemente e coloque-o no suporte magnético. Quando a solução estiver límpida (cerca de 5 min), transfira o sobrenadante para um novo tubo de PCR.
2.5 Adicione a segunda rodada de esferas de seleção à amostra da etapa 2.4 de acordo com a Tabela 1. Misture bem agitando ou pipetando para cima e para baixo pelo menos 10 vezes.
2.6 Incube em temperatura ambiente por 5 min.
2.7 Centrifugue o tubo brevemente e coloque-o no suporte magnético. Quando a solução estiver límpida (cerca de 5 min), aspire o sobrenadante e descarte.
2.8 Mantenha o tubo no suporte magnético e adicione 200 μL de etanol 80% recém-preparado sem perturbar as esferas, incubar em temperatura ambiente por 30 seg. Aspire o etanol e descarte.
2.9 Repita a etapa 2.8 uma vez para um total de duas lavagens.
2.10 Remova o etanol residual com pontas de pipeta de 10 µL. Mantenha o tubo no suporte magnético, seque as esferas de seleção ao ar com a tampa aberta até que as rachaduras apareçam (cerca de 5 min).
Observação: não seque demais as esferas de seleção. Isso pode resultar em menor recuperação do DNA alvo.
2.11 Remova o tubo do suporte magnético. Adicione uma quantidade apropriada de ddH2O (≥20 µL) e misture bem agitando ou pipetando para cima e para baixo pelo menos 10 vezes.
2.12 Incube em temperatura ambiente por 5 min.
Gire o tubo brevemente e coloque-o no suporte magnético. Quando a solução estiver límpida (cerca de 5 minutos), transfira 20 μL do sobrenadante para um novo tubo.

  • 3. Condições recomendadas para seleção do tamanho do DNA

O DNA do timo do bezerro foi fragmentado por sonicação para preparar um fragmento de 100-1.000 pb, e duas rodadas de seleção de tamanho foram realizadas de acordo com a Tabela 1. Os resultados foram analisados ​​usando o Agilent 2100 Bioanalyzer (Figura 2).

Tabela 1. Condição recomendada para seleção do tamanho do DNA

Comprimento do fragmento de DNA 250-350 pb 320-420 pb 450-550 pb 550-700 pb 700-900 pb 800-1.000 pb
Proporção de contas: DNA para a 1ª Rodada 0,80× 0,70× 0,60× 0,55× 0,50× 0,45×
Proporção de contas: DNA para o 2º Redondo 0,20× 0,20× 0,20× 0,15× 0,15× 0,15×

Nota: "×" na tabela indica o volume do DNA da amostra. Por exemplo, se o comprimento de inserção da biblioteca for 250 pb e o volume do DNA da amostra for 100 μL, o volume de esferas magnéticas usadas na primeira rodada de classificação será 0,80×100 μL=80 μL; o volume de esferas magnéticas usadas na segunda rodada de classificação será 0,20×100 μL=20 μL.

Figura 2. Eletroferograma do chip de DNA de alta sensibilidade Agilent 2100

Notas:
1. Para sua segurança e saúde, use jalecos e luvas descartáveis ​​para a operação.

Citado de "Integração específica de sequência pela família 1 casposase de Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1. Ácidos Nucleicos Res. 2021;49(17):9938-9952. doi:10.1093/nar/gkab725"

Citado de "Infecção recente por Wolbachia altera comunidades microbianas em populações selvagens de Laodelphax striatellus. Microbioma. 2020;8(1):104. Publicado em 2020 Jul 2. doi:10.1186/s40168-020-00878-x"

Documentos:
Citações e referências:

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[2] Duan XZ, Sun JT, Wang LT, et al. A infecção recente por Wolbachia altera as comunidades microbianas em populações selvagens de Laodelphax striatellus. Microbioma. 2020;8(1):104. Publicado em 2 de julho de 2020. doi:10.1186/s40168-020-00878-x(IF:11.607)

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Storage

This product should be stored at 2~8℃ for 18 months.

FAQ

It can purify DNA fragments of 150bp or longer. If the purified DNA contains a large amount of fragments shorter than 150bp, please use product number 12600, which can purify DNA fragments of 50bp or longer.
You need to figure out the system on your own. The currently selected system for the selected fragments is the one described in the manual. For other fragment selections, you can refer to the selection system in the manual for adjustment.
It is not recommended to freeze for a long time, as the low temperature will damage the structure of the magnetic beads. Freezing and thawing once for NGS library sorting and purification does not significantly affect the performance for a short period of time. However, the actual result should be based on specific test results.
Keeping the magnetic beads at room temperature may have some impact on their recovery performance. It is not recommended to leave them at room temperature for too long. After use, it is advisable to store them at 4℃. The separation effect of PEG is easily affected by factors such as pH and temperature.
The DNA sorting and purification magnetic beads are based on a technology called Solid Phase Reversible Immobilization (SPRI). The buffer of the magnetic beads generally contains: magnetic beads, DNA, PEG, salt ions (mainly Na+), etc. Under the action of PEG and NaCl, the DNA molecules will undergo dehydration condensation, resulting in a change in DNA conformation and aggregation precipitation. The negatively charged ones can be eluted from the bound DNA molecules when using buffer solutions without enzymes or TE (low salt and low PEG content).
Under different PEG and salt ion concentrations, the conformations of different lengths of DNA are different. Moreover, longer DNA fragments carry more negative charges, so magnetic beads generally preferentially adsorb long DNA fragments. Sorting usually requires two rounds of magnetic bead separation. In the first round, magnetic beads bind to the DNA of larger molecular weight, and this part of the product is removed by discarding the magnetic beads. At this time, the target-sized DNA is in the supernatant; in the second round, magnetic beads bind to the larger molecular weight DNA in the remaining products, and the smaller molecular weight DNA is removed by discarding the supernatant. At this point, the target-sized DNA is on the magnetic beads, and through two rounds of magnetic bead separation, the sorting goal is achieved.
It is not recommended to use 12601. Instead, 12600 should be used. The minimum fragment that can be recovered is about 100bp. The recovery rate of 50bp or above may be affected.
 Magnetic beads can adsorb both double-stranded DNA and single-stranded DNA, but they cannot distinguish between single-stranded or double-stranded DNA. The number of times single-stranded DNA can be purified by the magnetic beads can be referred to in the manual for double-stranded DNA.
12601ES is a non-specific adsorption magnetic bead that can also bind to RNA. If you want to remove RNA, you need to treat it with RNase A.
It is not recommended to use it. Although magnetic beads can also adsorb RNA fragments, the magnetic bead buffer is designed based on DNA characteristics and is not conducive to the stability of RNA structure. For RNA purification, it is recommended to use RNA purification magnetic beads (item number 12602ES).
1) The magnetic beads and DNA were not thoroughly mixed, resulting in insufficient adsorption. It is recommended to ensure thorough mixing of the reaction system.
2) The proportion of magnetic beads is incorrect. It is recommended to select the appropriate proportion according to the instructions.
3) The incubation time is insufficient. Ensure that the incubation time is at least 5 minutes.
4) During magnetic bead separation, when the two wheels perform magnetic bead adsorption, the magnetic beads are collected. A 10 μL pipette can be connected in series before the 200 μL pipette for liquid transfer, which can prevent the collection of magnetic beads.
5) During the magnetic bead washing process, the ethanol solution was not prepared freshly, resulting in an insufficiently high ethanol concentration. It is recommended that the ethanol concentration be no less than 70%, and for small fragments, it should be no less than 80%.
6) Excessive drying: If the magnetic beads are dried for too long, the surface will crack, making it difficult to elute the DNA and resulting in a decrease in yield. It is recommended that the drying time should not be too long; the moment the surface begins to crack, drying should be stopped.
7) Insufficient volume of elution solution: The final elution solution should completely cover the magnetic beads within the tube.
8) Sample reasons: The sample purity is low and contains impurities. When there are a large amount of impurities in the sample, it may cause the magnetic beads to aggregate and harden, resulting in insufficient elution. Using a pipette, try to blow the magnetic beads apart as much as possible, extend the elution time, and increase the product recovery rate. If there are many large fragments in the sample, the large fragments will cause the magnetic beads to aggregate. During elution, you can prolong the time or, if necessary, incubate at 37 degrees to improve the yield.

Citations

Documents

Brochure
Magnetic_Beads_for_DNA_RNA_and_mRNA_Enrichment.pdf

Applications

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Perguntas frequentes

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