現代のゲノミクスでは、複雑なサンプルから正確かつ有意義な情報を抽出することが極めて重要です。腫瘍の変異、遺伝性疾患、病原体、育種形質など、どのような研究においても、ライブラリー調製の質が結果の信頼性を左右します。
従来のライブラリ調製では、精度、速度、拡張性の間で妥協を強いられることがよくあります。酵素断片化ベースのキットは、高性能とシンプルさ、そして柔軟性を兼ね備えた、より優れたソリューションを提供します。Yeasenの酵素断片化DNAライブラリ調製キットは、多様な研究分野のニーズを満たすように設計されており、より迅速でクリーン、そして再現性の高い結果をもたらします。
感染症の脅威への迅速な対応
新興・再興病原体には、迅速かつ正確な検出方法が求められます。Yeasenのキットは以下を可能にします。
- 2時間以内にライブラリを準備
- 10分間のワンチューブフラグメンテーション+エンドリペア+Aテーリング
- 微量微生物DNAに対する高感度（LOD ≤ 100 pg）
- 宿主DNAの汚染を最小限に抑える超クリーンなワークフロー
図1. 挿入DNAと微生物検出におけるmNGSデータのパフォーマンス
ZymoBIOMICS微生物DNA標準品（カタログ番号D6306）10 ngから、Flash OnePot DNAライブラリキット（カタログ番号12316）を用いてライブラリを調製しました。ライブラリはプールされ、Illumina MiSeq（2 ×150 bp）でシーケンスされました。検出された微生物組成は、予想された割合とほぼ一致しました。予想された組成：Cryptococcus neoformans 2%、Saccharomyces cerevisiae 2%、Bacillus subtilis 12%、Escherichia coli 12%、Enterococcus faecalis 12%、Lactobacillus fermentum 12%、Listeria monocytogenes 12%、Pseudomonas aeruginosa 12%、Staphylococcus aureus 12%、Salmonella enterica 12%。
遺伝性疾患を高感度で解読する
単一遺伝子疾患および複合疾患では、均一なターゲットカバレッジと信頼性の高いバリアントコールが求められます。このキットは以下の機能を提供します。
- GCリッチでシーケンスが難しい領域でも一貫したカバレッジを実現
- 少量入力DNAからの正確なSNP/インデル検出
- 100 pgの低入力にも対応
図2. NIPTアプリケーションにおける効率的なcfDNAライブラリ調製と高品質シーケンス性能
プレシジョン腫瘍学の強化
がんゲノミクスでは、低頻度変異やCNVを超高感度で検出することが求められます。Yeasenの酵素調製キットは、以下のことを可能にします。
- 低VAF変異（0.1%程度）の信頼性の高い検出
- 均一なゲノムワイドカバレッジによる優れたCNV検出
- 正確な腫瘍異質性解析のための増幅バイアスの最小化
図3. 腫瘍SNV gDNA標準を用いたハイブリッドキャプチャーシーケンス性能の比較
Cancer SLCパネルを用いて、腫瘍SNV 5% gDNA標準品（GW-OGTM006）および野生型腫瘍gDNA標準品（GW-OGTM005）100 ngからターゲットハイブリッドキャプチャーライブラリを調製した。6つのサブライブラリをキャプチャー用にプールし（6プレックス）、サブライブラリあたり6 Gbでシーケンスした。PCR増幅は7サイクルで実施した。
Yeasen Lib prepキットは、W*と同等のオンターゲット率とカバレッジ深度を示しました。特に、Yeasenキットは0.5%および0.1%のアレル頻度ですべての変異をドロップアウトなしで検出しましたが、W*は0.1% VAFでG719S変異を検出できませんでした。
農業と畜産の育成を強化
植物や動物のゲノムは巨大であったり、倍数体であったり、反復性であったりするため、多くの調製法では困難です。Yeasenのキットは以下のものに対応しています。
- 幅広いサンプル互換性：複雑なゲノム全体にわたる断片化も可能
- SNPの発見と遺伝子型判定のための高品質ライブラリ
- DNA入力の互換性が低い（初期段階または希少なサンプルに最適）
図4. 12972を使用した種を超えた一貫したライブラリ品質と優れたWGSパフォーマンス
複数の種由来のDNAサンプルを、同一条件下で12972を用いて断片化しました。得られたライブラリは、一貫した断片サイズ（約450 bpまたは約320 bp）を示し、種間で良好な均一性を示しました。ヒトおよびウシサンプルの10倍全ゲノムシーケンシング（WGS）において、12972はサプライヤーW*と比較して高い遺伝子カバレッジを達成し、偽キメラ率およびヘアピンアーティファクトはサプライヤーW*と同等またはそれ以下でした。
関連製品
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カテゴリ |
名前 |
カタログ番号 |
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DNAライブラリの準備 |
機械 |
12927ES |
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機械 |
12972ES |
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12316ES |
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RNAライブラリの準備 |
デュアルモード（ストランド固有および非ストランド固有） |
12308ES |
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プレミックスバージョン |
12340ES |
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Hieff NGS™ EvoMax RNA ライブラリー調製キット（ dNTP ） （プレミックス・シーリングバージョン） |
12341ES |
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mRNAの分離 |
真核生物のmRNA |
12629ES |
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rRNA枯渇 |
ヒト/マウス/ラット |
12257ES |
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ヒト/マウス/ラット |
12254ES |
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12602ES |
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