ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルは、生物医学研究および臨床診断において非常に貴重なリソースです。保存された腫瘍組織や稀少な臨床症例の膨大なアーカイブを有するFFPEサンプルは、病理学的特徴や分子シグネチャーの歴史的理解を深める上で重要な役割を果たします。しかし、FFPEサンプルの耐久性を高める固定法と保存法自体が、大きな課題も生み出しています。FFPEサンプルから抽出されたDNAは、多くの場合、分解、架橋、そして高度に断片化されているため、次世代シーケンシング（NGS）用の高品質なライブラリを作成することが困難です。
近年、FFPEサンプルからゲノム情報を抽出したいという需要が急増しており、特にがんゲノミクス、バイオマーカー探索、そして遡及的臨床研究においてその需要が高まっています。しかしながら、依然としてボトルネックとなっているのは、損傷したFFPEサンプルから使用可能なDNAをどのように回収するかという点です。
ここで、効率的なDNA修復技術が活躍します。固定中に生じた損傷（切断、脱塩基部位、架橋など）に対処することで、これらの修復ソリューションはDNAの完全性を回復し、断片の品質を向上させ、ライブラリ調製の成功率を飛躍的に向上させます。適切なツールを使用すれば、ひどく劣化したFFPE DNAであっても、信頼性の高い高カバレッジのNGSデータを得ることができ、かつては「使用不可能」だったサンプルがゲノムの金鉱へと変貌を遂げます。
FFPE修復試薬の価値を解き放つ
これらのDNA損傷を克服するためには、ライブラリ調製前のDNA修復が不可欠となっています。Yeasenはこのニーズを認識し、Hieff NGS ™ FFPE DNA修復試薬（カタログ番号12606ES）を開発しました。これは、FFPEによって引き起こされる一般的なDNA損傷を修復するために特別に配合された最適化された酵素混合物です。この試薬は、低品質のFFPEサンプルからのライブラリ収量を大幅に向上させることが検証されており、配列バイアスを導入することなく、NGSライブラリ調製の全体的な成功率を高めます。
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損傷の種類 |
修復能力 |
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シトシンの脱アミノ化によるウラシル |
✔ 修理済み |
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傷と隙間 |
✔ 修理済み |
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酸化塩基 |
✔ 修理済み |
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3'末端の閉塞 |
✔ 修理済み |
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断片化 |
✘ 修理されていない |
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DNA-タンパク質架橋 |
✘ 修理されていない |
低品質FFPEサンプルにおけるライブラリ収量の向上
比較実験では、同一サンプル由来のFFPE DNAを、ライブラリ構築における末端修復およびAテーリング工程で修復試薬を添加した場合と添加しない場合で処理しました。結果は明確で、FFPE修復試薬は低品質FFPEサンプルにおいてライブラリ収量を大幅に向上させました。一方、高品質サンプルではわずかな差しか見られませんでした。これは、試薬が損傷を受けたDNAに特異的に効果を発揮し、損傷を受けていない入力DNAには影響を与えないことを示唆しています。
Hieff NGS TM FFPE DNA 修復試薬は、強力な損傷特異的修復性能と標準 NGS ワークフローとの互換性を備えており、FFPE サンプルの潜在能力を最大限に引き出し、劣化した臨床アーカイブをゲノム発見のために復活させます。
図1. FFPE DNA修復試薬の性能と安定性
関連製品
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カテゴリ |
名前 |
カタログ番号 |
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FFPE修復 |
12606ES |
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DNAライブラリの準備 NGS用 |
12927ES |
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12972ES |
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12316ES |
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DNAライブラリの準備 TGS向け |
13301ES |