โปรตีเอสหรือที่เรียกอีกอย่างว่าเอนไซม์โปรตีโอไลติก คือเอนไซม์ที่ย่อยสลายโปรตีนให้เป็นโพลีเปปไทด์หรือกรดอะมิโนที่มีขนาดเล็กกว่า เอนไซม์เหล่านี้ใช้ในการพัฒนาแอนติบอดีและโปรตีนบำบัดรูปแบบหนึ่ง ซึ่งออกแบบมาเพื่อกระตุ้นเฉพาะในเนื้อเยื่อที่เป็นโรคเท่านั้น นอกจากนี้ โปรตีเอสยังมีบทบาทสำคัญในการกำหนดลักษณะของแอนติบอดี โปรตีนฟิวชัน Fc และคอนจูเกตแอนติบอดี-ยา
