Hieff ngs ™ Selezione DNA perline superiori AMPURE XP Alternativa _ 12601es
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Le perle di selezione del DNA Hieff NGS™ sono preparate in base al principio SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization) e sono applicabili per la purificazione del DNA e la selezione delle dimensioni durante la preparazione di librerie di sequenziamento di nuova generazione (NGS). Le perle di selezione del DNA Hieff NGS™ sono compatibili con vari kit di preparazione di librerie di DNA e RNA e sono una buona alternativa a Perle AMPure. Componenti Componenti n. Nome 12601ES08 12601ES56 12601ES75 12601 Perle di selezione del DNA Hieff NGS™ 5 ml 60...

Frequently Bought Together

Hieff ngs ™ Selezione DNA perline superiori AMPURE XP Alternativa _ 12601es

YeasenSku: 12601ES03
Misurare: 1mL
Prezzo:
$35.00
Azione:
In magazzino

Le perle di selezione del DNA Hieff NGS™ sono preparate in base al principio SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization) e sono applicabili per la purificazione del DNA e la selezione delle dimensioni durante la preparazione di librerie di sequenziamento di nuova generazione (NGS). Le perle di selezione del DNA Hieff NGS™ sono compatibili con vari kit di preparazione di librerie di DNA e RNA e sono una buona alternativa a Perle AMPure.

Componenti

Componenti n. Nome 12601ES08 12601ES56 12601ES75
12601 Perle di selezione del DNA Hieff NGS™ 5 ml 60 ml 450 ml

Specifiche

Linea di prodotti Perle di pulizia e selezione del DNA
Materiale di partenza Il DNA
Compatibilità Il DNA
Tecnologia di isolamento Perlina magnetica
Tipo di prodotto finale Il DNA
Per l'uso con (applicazione) DNA celan up, selezione delle dimensioni del DNA

Spedizione e stoccaggio

Le perle vengono spedite con ghiaccio e possono essere conservate a una temperatura compresa tra 2°C e 8°C per un anno.

Istruzioni

  • 1. Preparazione

Equilibrare le perle di selezione a temperatura ambiente per almeno 30 minuti prima dell'uso.

  • 2. Selezione della dimensione del DNA

Il flusso operativo della selezione delle dimensioni è illustrato nella Figura 1 e il protocollo è il seguente.

Figura 1. Diagramma di flusso della selezione delle dimensioni del DNA

2.1 Mescolare accuratamente le perle agitandole con un vortex o pipettandole su e giù ogni volta prima dell'uso.
2.2 Aggiungere il primo giro di sfere di selezione al campione (fare riferimento alla Tabella 1). Mescolare accuratamente agitando o pipettando su e giù almeno 10 volte.
2.3 Incubare a temperatura ambiente per 5 minuti.
2.4 Centrifugare brevemente la provetta e posizionarla su un supporto magnetico. Quando la soluzione è limpida (circa 5 min), trasferire il surnatante in una nuova provetta per PCR.
2.5 Aggiungere il secondo giro di sfere di selezione al campione dal passaggio 2.4 secondo la Tabella 1. Mescolare accuratamente agitando con vortex o pipettando su e giù almeno 10 volte.
2.6 Incubare a temperatura ambiente per 5 minuti.
2.7 Centrifugare brevemente la provetta e posizionarla su un supporto magnetico. Quando la soluzione è limpida (circa 5 min), aspirare il surnatante e scartarlo.
2.8 Mantenere la provetta nel supporto magnetico e aggiungere 200 μL di etanolo all'80% appena preparato senza toccare le perle, incubare a temperatura ambiente per 30 sec. Aspirare l'etanolo e scartarlo.
2.9 Ripetere il passaggio 2.8 una volta per un totale di due lavaggi.
2.10 Rimuovere l'etanolo residuo con puntali per pipette da 10 µL. Tenere la provetta nel supporto magnetico, asciugare all'aria le perle di selezione con il coperchio aperto finché non compaiono delle crepe (circa 5 min).
Nota: non far seccare troppo le perle di selezione. Ciò potrebbe causare una riduzione del recupero del DNA target.
2.11 Rimuovere la provetta dal supporto magnetico. Aggiungere una quantità appropriata di ddH2O (≥20 µL) e mescolare accuratamente agitando o pipettando su e giù almeno 10 volte.
2.12 Incubare a temperatura ambiente per 5 minuti.
Centrifugare brevemente la provetta e posizionarla sul supporto magnetico. Quando la soluzione è limpida (circa 5 minuti), trasferire 20 μL del surnatante in una nuova provetta.

  • 3. Condizioni consigliate per la selezione delle dimensioni del DNA

Il DNA del timo del vitello è stato frammentato mediante sonicazione per preparare un frammento di 100-1.000 bp e sono stati eseguiti due cicli di selezione delle dimensioni secondo la Tabella 1. I risultati sono stati analizzati utilizzando Agilent 2100 Bioanalyzer (Figura 2).

Tabella 1. Condizioni consigliate per la selezione delle dimensioni del DNA

Lunghezza del frammento di DNA 250-350 punti base 320-420 anni fa 450-550 anni fa 550-700 anni fa 700-900 anni fa 800-1.000 punti base
Rapporto delle perle: DNA per il 1° Round 0,80× 0,70× 0,60× 0,55× 0,50× 0,45×
Rapporto delle perle: DNA per il 2° Girare 0,20× 0,20× 0,20× 0,15× 0,15× 0,15×

Nota: "×" nella tabella indica il volume del campione di DNA. Ad esempio, se la lunghezza dell'inserto della libreria è 250 bp e il volume del campione di DNA è 100 μL, il volume delle sfere magnetiche utilizzate nel primo round di ordinamento è 0,80×100 μL=80 μL; il volume delle sfere magnetiche utilizzate nel secondo round di ordinamento è 0,20×100 μL=20 μL.

Figura 2. Elettroferogramma del chip di DNA ad alta sensibilità Agilent 2100

Note:
1. Per la vostra sicurezza e salute, vi preghiamo di indossare camici da laboratorio e guanti monouso durante il funzionamento.

Citato da "Integrazione specifica della sequenza da parte della famiglia 1 casposasi da Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1. Acidi nucleici Res. 2021;49(17):9938-9952. doi:10.1093/nar/gkab725"

Citato da "Recente infezione da Wolbachia altera le comunità microbiche nelle popolazioni selvatiche di Laodelphax striatellus. Microbioma. 2020;8(1):104. Pubblicato il 2 luglio 2020. doi:10.1186/s40168-020-00878-x"

Documenti:
Citazioni e riferimenti:

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[2] Duan XZ, Sun JT, Wang LT, et al. Una recente infezione da Wolbachia altera le comunità microbiche nelle popolazioni selvatiche di Laodelphax striatellus. Microbioma. 2020;8(1):104. Pubblicato il 2 luglio 2020. doi:10.1186/s40168-020-00878-x(IF:11.607)

[3] Canzone B, Almatrafi E, Sang F, et al.Gestione dei sedimenti trattati con Fenton con biochar e compost di letame di pecora: effetti sulle caratteristiche evolutive della comunità batterica. J Environ Manage. 2022;316:115218. doi:10.1016/j.jenvman.2022.115218(IF:6.789)

[4] Huang C, Mei Q, Lou L, et al. Colite ulcerosa in risposta al trapianto di microbiota fecale tramite modulazione del microbiota intestinale e dell'equilibrio delle cellule Th17/Treg. Cellule. 2022;11(11):1851. Pubblicato il 5 giugno 2022. doi:10.3390/cells11111851(IF:6.600)

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Storage

This product should be stored at 2~8℃ for 18 months.

FAQ

It can purify DNA fragments of 150bp or longer. If the purified DNA contains a large amount of fragments shorter than 150bp, please use product number 12600, which can purify DNA fragments of 50bp or longer.
You need to figure out the system on your own. The currently selected system for the selected fragments is the one described in the manual. For other fragment selections, you can refer to the selection system in the manual for adjustment.
It is not recommended to freeze for a long time, as the low temperature will damage the structure of the magnetic beads. Freezing and thawing once for NGS library sorting and purification does not significantly affect the performance for a short period of time. However, the actual result should be based on specific test results.
Keeping the magnetic beads at room temperature may have some impact on their recovery performance. It is not recommended to leave them at room temperature for too long. After use, it is advisable to store them at 4℃. The separation effect of PEG is easily affected by factors such as pH and temperature.
The DNA sorting and purification magnetic beads are based on a technology called Solid Phase Reversible Immobilization (SPRI). The buffer of the magnetic beads generally contains: magnetic beads, DNA, PEG, salt ions (mainly Na+), etc. Under the action of PEG and NaCl, the DNA molecules will undergo dehydration condensation, resulting in a change in DNA conformation and aggregation precipitation. The negatively charged ones can be eluted from the bound DNA molecules when using buffer solutions without enzymes or TE (low salt and low PEG content).
Under different PEG and salt ion concentrations, the conformations of different lengths of DNA are different. Moreover, longer DNA fragments carry more negative charges, so magnetic beads generally preferentially adsorb long DNA fragments. Sorting usually requires two rounds of magnetic bead separation. In the first round, magnetic beads bind to the DNA of larger molecular weight, and this part of the product is removed by discarding the magnetic beads. At this time, the target-sized DNA is in the supernatant; in the second round, magnetic beads bind to the larger molecular weight DNA in the remaining products, and the smaller molecular weight DNA is removed by discarding the supernatant. At this point, the target-sized DNA is on the magnetic beads, and through two rounds of magnetic bead separation, the sorting goal is achieved.
It is not recommended to use 12601. Instead, 12600 should be used. The minimum fragment that can be recovered is about 100bp. The recovery rate of 50bp or above may be affected.
 Magnetic beads can adsorb both double-stranded DNA and single-stranded DNA, but they cannot distinguish between single-stranded or double-stranded DNA. The number of times single-stranded DNA can be purified by the magnetic beads can be referred to in the manual for double-stranded DNA.
12601ES is a non-specific adsorption magnetic bead that can also bind to RNA. If you want to remove RNA, you need to treat it with RNase A.
It is not recommended to use it. Although magnetic beads can also adsorb RNA fragments, the magnetic bead buffer is designed based on DNA characteristics and is not conducive to the stability of RNA structure. For RNA purification, it is recommended to use RNA purification magnetic beads (item number 12602ES).
1) The magnetic beads and DNA were not thoroughly mixed, resulting in insufficient adsorption. It is recommended to ensure thorough mixing of the reaction system.
2) The proportion of magnetic beads is incorrect. It is recommended to select the appropriate proportion according to the instructions.
3) The incubation time is insufficient. Ensure that the incubation time is at least 5 minutes.
4) During magnetic bead separation, when the two wheels perform magnetic bead adsorption, the magnetic beads are collected. A 10 μL pipette can be connected in series before the 200 μL pipette for liquid transfer, which can prevent the collection of magnetic beads.
5) During the magnetic bead washing process, the ethanol solution was not prepared freshly, resulting in an insufficiently high ethanol concentration. It is recommended that the ethanol concentration be no less than 70%, and for small fragments, it should be no less than 80%.
6) Excessive drying: If the magnetic beads are dried for too long, the surface will crack, making it difficult to elute the DNA and resulting in a decrease in yield. It is recommended that the drying time should not be too long; the moment the surface begins to crack, drying should be stopped.
7) Insufficient volume of elution solution: The final elution solution should completely cover the magnetic beads within the tube.
8) Sample reasons: The sample purity is low and contains impurities. When there are a large amount of impurities in the sample, it may cause the magnetic beads to aggregate and harden, resulting in insufficient elution. Using a pipette, try to blow the magnetic beads apart as much as possible, extend the elution time, and increase the product recovery rate. If there are many large fragments in the sample, the large fragments will cause the magnetic beads to aggregate. During elution, you can prolong the time or, if necessary, incubate at 37 degrees to improve the yield.

Citations

Documents

Brochure
Magnetic_Beads_for_DNA_RNA_and_mRNA_Enrichment.pdf

Applications

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