Hieff NGS ™ BEADS DE SELECCIÓN DE ADN AMPURE AMPURE XP Alternativa _ 12601ES
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Las perlas de selección de ADN Hieff NGS™ se preparan según el principio SPRI (inmovilización inversa en fase sólida) y se pueden utilizar para la purificación y selección de tamaño de ADN durante la preparación de bibliotecas de secuenciación de próxima generación (NGS). Las perlas de selección de ADN Hieff NGS™ son compatibles con varios kits de preparación de bibliotecas de ADN y ARN y son una buena alternativa a las Perlas AMPure. Componentes Componentes No. Nombre 12601ES08 12601ES56 12601ES75 12601 Perlas de selección de ADN Hieff NGS™ 5 ml...

Frequently Bought Together

Hieff NGS ™ BEADS DE SELECCIÓN DE ADN AMPURE AMPURE XP Alternativa _ 12601ES

YeasenSku: 12601ES03
Tamaño: 1mL
Precio:
$35.00
Existencias:
En stock

Las perlas de selección de ADN Hieff NGS™ se preparan según el principio SPRI (inmovilización inversa en fase sólida) y se pueden utilizar para la purificación y selección de tamaño de ADN durante la preparación de bibliotecas de secuenciación de próxima generación (NGS). Las perlas de selección de ADN Hieff NGS™ son compatibles con varios kits de preparación de bibliotecas de ADN y ARN y son una buena alternativa a las Perlas AMPure.

Componentes

Componentes No. Nombre 12601ES08 12601ES56 12601ES75
12601 Perlas de selección de ADN Hieff NGS™ 5 ml 60 ml 450 ml

Presupuesto

Línea de productos Perlas de limpieza y selección de ADN
Material de partida ADN
Compatibilidad ADN
Tecnología de aislamiento Perla magnética
Tipo de producto final ADN
Para usar con (aplicación) Limpieza del ADN, selección del tamaño del ADN

Envío y almacenamiento

Las perlas se envían con bolsas de hielo y se pueden almacenar a una temperatura entre 2 °C y 8 ​​°C durante un año.

Instrucciones

  • 1. Preparación

Equilibrar las perlas de selección a temperatura ambiente durante al menos 30 minutos antes de su uso.

  • 2. Selección del tamaño del ADN

El flujo de operación de selección de tamaño se muestra en la Figura 1 y el protocolo es el siguiente.

Figura 1. Diagrama de flujo de la selección del tamaño del ADN

2.1 Mezcle bien las perlas mediante agitación en vórtex o pipeteando hacia arriba y hacia abajo cada vez antes de usarlas.
2.2 Agregue la primera ronda de perlas de selección a la muestra (consulte la Tabla 1). Mezcle bien agitando con vórtex o pipeteando hacia arriba y hacia abajo al menos 10 veces.
2.3 Incubar a temperatura ambiente durante 5 min.
2.4 Centrifugue brevemente el tubo y colóquelo sobre un soporte magnético. Cuando la solución esté transparente (aproximadamente 5 minutos), transfiera el sobrenadante a un nuevo tubo de PCR.
2.5 Agregue la segunda ronda de perlas de selección a la muestra del paso 2.4 de acuerdo con la Tabla 1. Mezcle bien agitando o pipeteando hacia arriba y hacia abajo al menos 10 veces.
2.6 Incubar a temperatura ambiente durante 5 min.
2.7 Centrifugue brevemente el tubo y colóquelo sobre un soporte magnético. Cuando la solución esté transparente (aproximadamente 5 minutos), aspire el sobrenadante y deséchelo.
2.8 Mantenga el tubo en el soporte magnético y agregue 200 μL de etanol al 80 % recién preparado sin alterar las perlas. Incube a temperatura ambiente durante 30 segundos. Aspire el etanol y deséchelo.
2.9 Repita el paso 2.8 una vez para un total de dos lavados.
2.10 Retire el etanol residual con puntas de pipeta de 10 µL. Mantenga el tubo en el soporte magnético, seque al aire las perlas de selección con la tapa abierta hasta que aparezcan grietas (aproximadamente 5 minutos).
Nota: No seque demasiado las perlas de selección. Esto puede dar como resultado un objetivo de ADN de recuperación más bajo.
2.11 Retire el tubo del soporte magnético. Agregue una cantidad adecuada de ddH2O (≥20 µL) y mezcle bien agitando con vórtex o pipeteando hacia arriba y hacia abajo al menos 10 veces.
2.12 Incubar a temperatura ambiente durante 5 min.
Centrifugue brevemente el tubo y colóquelo sobre el soporte magnético. Cuando la solución esté transparente (aproximadamente 5 minutos), transfiera 20 μL del sobrenadante a un tubo nuevo.

  • 3. Condiciones recomendadas para la selección del tamaño del ADN

El ADN del timo de ternera se fragmentó mediante sonicación para preparar un fragmento de 100-1.000 pb, y se realizaron dos rondas de selección de tamaño de acuerdo con la Tabla 1. Los resultados se analizaron utilizando el Bioanalizador Agilent 2100 (Figura 2).

Tabla 1. Condiciones recomendadas para la selección del tamaño del ADN

Longitud del fragmento de ADN 250-350 pb 320-420 pb 450-550 pb 550-700 pb 700-900 pb 800-1.000 pb
Relación de cuentas: ADN para la 1ª ronda 0,80× 0,70× 0,60× 0,55× 0,50× 0,45×
Relación de cuentas: ADN para el 2do Redondo 0,20× 0,20× 0,20× 0,15× 0,15× 0,15×

Nota: "×" en la tabla indica el volumen de ADN de muestra. Por ejemplo, si la longitud del inserto de la biblioteca es de 250 pb y el volumen de ADN de muestra es de 100 μL, el volumen de perlas magnéticas utilizado en la primera ronda de clasificación es de 0,80×100 μL=80 μL; el volumen de perlas magnéticas utilizado en la segunda ronda de clasificación es de 0,20×100 μL=20 μL.

Figura 2. Electroferograma del chip de ADN de alta sensibilidad Agilent 2100

Notas:
1. Para su seguridad y salud, utilice bata de laboratorio y guantes desechables durante la operación.

Citado de "Integración específica de secuencia por la casposasa de la familia 1 de Candidatus Nitrosopumilus koreensis" AR1. Res. de ácidos nucleicos 2021;49(17):9938-9952. doi:10.1093/nar/gkab725"

Citado de "La infección reciente por Wolbachia altera las comunidades microbianas en poblaciones silvestres de Laodelphax striatellus. Microbiome. 2020;8(1):104. Publicado el 2 de julio de 2020. doi:10.1186/s40168-020-00878-x"

Documentos:
Citas y referencias:

[1] Wang X, Yuan Q, Zhang W, et al. Integración específica de secuencia por la casposasa de la familia 1 de Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1. Res. de ácidos nucleicos 2021;49(17):9938-9952. doi:10.1093/nar/gkab725(IF:16.971)

[2] Duan XZ, Sun JT, Wang LT, et al. La infección reciente por Wolbachia altera las comunidades microbianas en poblaciones silvestres de Laodelphax striatellus. Microbiome. 2020;8(1):104. Publicado el 2 de julio de 2020. doi:10.1186/s40168-020-00878-x(IF:11.607)

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Storage

This product should be stored at 2~8℃ for 18 months.

FAQ

It can purify DNA fragments of 150bp or longer. If the purified DNA contains a large amount of fragments shorter than 150bp, please use product number 12600, which can purify DNA fragments of 50bp or longer.
You need to figure out the system on your own. The currently selected system for the selected fragments is the one described in the manual. For other fragment selections, you can refer to the selection system in the manual for adjustment.
It is not recommended to freeze for a long time, as the low temperature will damage the structure of the magnetic beads. Freezing and thawing once for NGS library sorting and purification does not significantly affect the performance for a short period of time. However, the actual result should be based on specific test results.
Keeping the magnetic beads at room temperature may have some impact on their recovery performance. It is not recommended to leave them at room temperature for too long. After use, it is advisable to store them at 4℃. The separation effect of PEG is easily affected by factors such as pH and temperature.
The DNA sorting and purification magnetic beads are based on a technology called Solid Phase Reversible Immobilization (SPRI). The buffer of the magnetic beads generally contains: magnetic beads, DNA, PEG, salt ions (mainly Na+), etc. Under the action of PEG and NaCl, the DNA molecules will undergo dehydration condensation, resulting in a change in DNA conformation and aggregation precipitation. The negatively charged ones can be eluted from the bound DNA molecules when using buffer solutions without enzymes or TE (low salt and low PEG content).
Under different PEG and salt ion concentrations, the conformations of different lengths of DNA are different. Moreover, longer DNA fragments carry more negative charges, so magnetic beads generally preferentially adsorb long DNA fragments. Sorting usually requires two rounds of magnetic bead separation. In the first round, magnetic beads bind to the DNA of larger molecular weight, and this part of the product is removed by discarding the magnetic beads. At this time, the target-sized DNA is in the supernatant; in the second round, magnetic beads bind to the larger molecular weight DNA in the remaining products, and the smaller molecular weight DNA is removed by discarding the supernatant. At this point, the target-sized DNA is on the magnetic beads, and through two rounds of magnetic bead separation, the sorting goal is achieved.
It is not recommended to use 12601. Instead, 12600 should be used. The minimum fragment that can be recovered is about 100bp. The recovery rate of 50bp or above may be affected.
 Magnetic beads can adsorb both double-stranded DNA and single-stranded DNA, but they cannot distinguish between single-stranded or double-stranded DNA. The number of times single-stranded DNA can be purified by the magnetic beads can be referred to in the manual for double-stranded DNA.
12601ES is a non-specific adsorption magnetic bead that can also bind to RNA. If you want to remove RNA, you need to treat it with RNase A.
It is not recommended to use it. Although magnetic beads can also adsorb RNA fragments, the magnetic bead buffer is designed based on DNA characteristics and is not conducive to the stability of RNA structure. For RNA purification, it is recommended to use RNA purification magnetic beads (item number 12602ES).
1) The magnetic beads and DNA were not thoroughly mixed, resulting in insufficient adsorption. It is recommended to ensure thorough mixing of the reaction system.
2) The proportion of magnetic beads is incorrect. It is recommended to select the appropriate proportion according to the instructions.
3) The incubation time is insufficient. Ensure that the incubation time is at least 5 minutes.
4) During magnetic bead separation, when the two wheels perform magnetic bead adsorption, the magnetic beads are collected. A 10 μL pipette can be connected in series before the 200 μL pipette for liquid transfer, which can prevent the collection of magnetic beads.
5) During the magnetic bead washing process, the ethanol solution was not prepared freshly, resulting in an insufficiently high ethanol concentration. It is recommended that the ethanol concentration be no less than 70%, and for small fragments, it should be no less than 80%.
6) Excessive drying: If the magnetic beads are dried for too long, the surface will crack, making it difficult to elute the DNA and resulting in a decrease in yield. It is recommended that the drying time should not be too long; the moment the surface begins to crack, drying should be stopped.
7) Insufficient volume of elution solution: The final elution solution should completely cover the magnetic beads within the tube.
8) Sample reasons: The sample purity is low and contains impurities. When there are a large amount of impurities in the sample, it may cause the magnetic beads to aggregate and harden, resulting in insufficient elution. Using a pipette, try to blow the magnetic beads apart as much as possible, extend the elution time, and increase the product recovery rate. If there are many large fragments in the sample, the large fragments will cause the magnetic beads to aggregate. During elution, you can prolong the time or, if necessary, incubate at 37 degrees to improve the yield.

Citations

Documents

Brochure
Magnetic_Beads_for_DNA_RNA_and_mRNA_Enrichment.pdf

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Preguntas frecuentes

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