เหมาะสำหรับ การกำจัด rRNA และ การปิดฝา mRNA การตรวจจับประสิทธิภาพ!
RNase H ทนความร้อนได้ดีเป็นพิเศษ มีประสิทธิภาพเหนือกว่า RNase H ทั่วไปทั้งในด้านความจำเพาะและประสิทธิภาพ
บทนำสู่ RNase H
E. coli RNase H (E. coli Ribonuclease H) เป็นเอนไซม์ที่ย่อยสลายส่วนประกอบ RNA ของสายไฮบริด RNA-DNA โดยเฉพาะ เอนไซม์นี้มีบทบาทสำคัญในกระบวนการต่างๆ เช่น การจำลอง DNA การซ่อมแซม และการถอดรหัสโดยการตัดสาย RNA เพื่อรักษาความสมบูรณ์และเสถียรภาพของเทมเพลต DNA ซึ่งทำให้เอนไซม์นี้ถูกใช้กันอย่างแพร่หลายในการทดลองทางชีววิทยาโมเลกุล รวมถึงการสังเคราะห์ cDNA การกำจัด rRNA และการศึกษาการรบกวน RNA อย่างไรก็ตาม E. coli RNase H มีข้อจำกัดบางประการ:
- อาจทำให้เกิดการแบ่งแยกแบบไม่จำเพาะของ RNA หรือ DNA สายเดี่ยว ส่งผลให้ความแม่นยำของผลการทดลองลดลง
- เสถียรภาพทางความร้อนที่ไม่ดีทำให้ไม่สามารถรักษากิจกรรมที่อุณหภูมิสูงได้ ซึ่งทำให้ไม่เหมาะสำหรับการทดลอง เช่น การถอดรหัสย้อนกลับที่อุณหภูมิสูงหรือ PCR ที่ต้องใช้ความร้อนที่สูง
ข้อบกพร่องเหล่านี้ผลักดันให้นักวิจัยพัฒนา RNase H ที่ทนความร้อนเพื่อขยายการใช้งานและเพิ่มประสิทธิภาพการทดลอง
รูปที่ 1: กลไกของ RNase H
RNase H ที่ทนความร้อนได้จาก Thermus thermophilus
RNase H ที่ทนต่อความร้อน ซึ่งได้มาจาก Thermus thermophilus เป็นโฮโมล็อกของ RNase H ของ E. coli และมีหน้าที่ของไรโบนิวคลีเอสที่คล้ายคลึงกัน โดยสามารถระบุได้อย่างแม่นยำและตัดพันธะฟอสโฟไดเอสเทอร์ของสาย RNA ในไฮบริด RNA:DNA ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในขณะที่ยังคงรักษาความสมบูรณ์ของสาย DNA เอาไว้ การวิเคราะห์โครงสร้างอย่างละเอียดเผยให้เห็นว่า แม้ว่าการกระจายความเสถียรโดยรวมจะคล้ายกับ RNase H ของ E. coli แต่ T. thermophilus RNase H ก็แสดงให้เห็นถึงการปรับปรุงที่สำคัญทั้งในความเสถียรโดยรวมและความเสถียรของสารตกค้างในพื้นที่
ด้วยอุณหภูมิการทำงานที่เหมาะสมที่สูงกว่า 65°C RNase H ที่ทนทานต่อความร้อนจึงมอบความจำเพาะและประสิทธิภาพที่เพิ่มขึ้นที่อุณหภูมิปฏิกิริยาที่สูงขึ้น โดยลดการแยกตัวแบบไม่จำเพาะให้เหลือน้อยที่สุด คุณสมบัตินี้ปลดล็อกศักยภาพอันมหาศาลในการทดลองทางชีววิทยาโมเลกุล ได้แก่:
- การกำจัด rRNA
- การตรวจจับอัตราการปิด mRNA
- การกำจัด mRNA poly(A) ที่ไฮบริดเป็น poly(dT)
- การกำจัด mRNA ในระหว่างการสังเคราะห์ cDNA สายที่สอง
- ปรับปรุงประสิทธิภาพการขยายสัญญาณในทดลองถอดรหัสย้อนกลับอุณหภูมิสูง การขยายสัญญาณแบบไอโซเทอร์มอล และ PCR
![Figure 2: Three-Dimensional Structure Comparison of Thermostable RNase H and E. coli RNase H [1]](https://cdn.shopify.com/s/files/1/0803/9419/1166/files/2_05d0884a-560e-4219-b16e-50c907eb4cbe_1024x1024.png?v=1742461692)
รูปที่ 2: การเปรียบเทียบโครงสร้างสามมิติของ RNase H ที่ทนความร้อนและ E. coli RNase H [1]
UCF.ME™เทอร์โมสเตเบิล RNase H (Cat14545)
RNase H ที่ทนความร้อนได้มักใช้ในการทดลองตรวจจับเชื้อก่อโรค เช่น การกำจัด rRNA ในการจัดลำดับเมตาจีโนม (mNGS) และการจัดลำดับที่กำหนดเป้าหมายของเชื้อก่อโรค (tNGS) กรดนิวคลีอิกของแบคทีเรียที่เป็นโฮสต์หรือพื้นหลังที่เหลืออยู่ในเอนไซม์สามารถลดความแม่นยำในการตรวจจับได้อย่างมาก เพื่อแก้ไขปัญหานี้
ข้อดีของผลิตภัณฑ์:
- กิจกรรมสูงและความสม่ำเสมอจากชุดต่อชุดที่ยอดเยี่ยม
- ปริมาณตกค้างของ gDNA ของโฮสต์ต่ำมาก: <0.02 สำเนา/หน่วย
- ไม่มีสารตกค้างของเอ็กโซนิวคลีเอส เอนโดนิวคลีเอส หรือ RNase
- ความเสถียรที่โดดเด่น: ไม่มีการสูญเสียกิจกรรมเอนไซม์อย่างมีนัยสำคัญหลังจาก 32 วันที่ 4°C, 16 วันที่ 25°C หรือ 7 วันที่ 37°C
การจัดแสดงผลงานของ UCF.ME™ เทอร์โมสเตเบิล RNase H (Cat14545)
1. กิจกรรมสูงและความสม่ำเสมอของชุด
UCF.ME สามชุด™ RNase H ที่ทนความร้อนได้ถูกฟักตัวร่วมกับซับสเตรต RNA:DNA และการเปลี่ยนแปลงของแถบจะถูกวิเคราะห์โดยใช้อิเล็กโทรโฟรีซิสเจลอะกาโรส ผลลัพธ์แสดงให้เห็นว่าเอนไซม์นี้เพียง 0.05 U สามารถแยก RNA ได้อย่างมีประสิทธิภาพในซับสเตรต RNA:DNA ที่มีความเข้มข้น 20 pmol โดยมีความสม่ำเสมอที่ยอดเยี่ยมในแต่ละแบตช์ ซึ่งเน้นย้ำถึงความเสถียรและความน่าเชื่อถือ
รูปที่ 3: ผลการตรวจจับกิจกรรมของ UCF.ME™ เอนไซม์ RNase H ที่ทนความร้อน
หมายเหตุ: สภาวะปฏิกิริยา: 50°C เป็นเวลา 20 นาที สารตั้งต้น RNA:DNA – 20 pmol
2. ปริมาณของสารตกค้าง gDNA ของโฮสต์ต่ำ: <0.02 สำเนา/หน่วย
การทดสอบสารตกค้าง gDNA ของโฮสต์ (E. coli) จากชุดต่างๆ หลายชุดแสดงให้เห็นว่า UCF.ME ทั้งสามชุด™ RNase H ที่ทนต่อความร้อนมีระดับสารตกค้างต่ำกว่า 0.02 Copies/U อย่างมาก ทำให้แน่ใจได้ถึงความบริสุทธิ์สูงและความน่าเชื่อถือในการทดลอง
รูปที่ 4: ผลการตกค้างของโฮสต์ gDNA ของ UCF.ME™ เอนไซม์ RNase H ที่ทนความร้อน
3. ไม่มีสารตกค้างของเอ็กโซนิวคลีเอส เอ็นโดนิวคลีเอส หรือ RNase
25 ม. ของ UCF.ME ™ RNase H ที่ทนความร้อนได้ถูกฟักตัวร่วมกับสารตั้งต้นของกรดนิวคลีอิก และการเปลี่ยนแปลงของแถบจะถูกประเมินโดยอิเล็กโทรโฟรีซิสเจลอะกาโรส ไม่พบสารตกค้างของเอ็กโซนิวคลีเอส เอนโดนิวคลีเอส หรือ RNase ในชุดใดชุดหนึ่งจากสามชุด ซึ่งทำให้มั่นใจได้ถึงความแม่นยำและความน่าเชื่อถือของผลลัพธ์
รูปที่ 5: ผลการตรวจหาสารตกค้างของเอ็กโซนิวคลีเอส เอนโดนิวคลีเอส และ RNase ใน UCF.ME™ เอนไซม์ RNase H ที่ทนความร้อน
4. เสถียรภาพดีเยี่ยม
UCF.ME™ RNase H ที่ทนความร้อนได้รับการทดสอบความเสถียรเป็นเวลา 32 วันที่อุณหภูมิ 4°C, 16 วันที่อุณหภูมิ 25°C และ 7 วันที่อุณหภูมิ 37°C การวัดกิจกรรมเอนไซม์ไม่มีการลดลงอย่างมีนัยสำคัญ พิสูจน์ถึงความเสถียรที่ยอดเยี่ยมในช่วงอุณหภูมิที่กว้าง และเหมาะสำหรับการจัดเก็บในระยะยาวและสภาวะการทดลองที่หลากหลาย
รูปที่ 6: ผลลัพธ์การเร่งเสถียรภาพของ UCF.ME™ เอนไซม์ RNase H ที่ทนความร้อน
สินค้าที่เกี่ยวข้องที่แนะนำ
| แหล่งที่มา | ชื่อสินค้า | แมวเอ็นโอ้. |
| ที. เทอร์โมฟิลัส | 14545ES | |
| อี.อีโคไล | 12906ES |
อ้างอิง
1. Hollien J, Marqusee S. การกระจายตัวของเสถียรภาพทางโครงสร้างของเอนไซม์เทอร์โมฟิลิก [J] Proceedings of the National Academy of Sciences, 1999, 96(24): 13674-13678
2. Wolf EJ, Dai N, Chan SH. การกำหนดลักษณะเฉพาะของ mRNA 5′End-Capping โดยการเสริมความเข้มข้นของ DNA Probe-Directed ด้วย Endoribonucleases ที่จำเพาะตำแหน่ง [J]. [2025-03-03].
3. Gu H, Sun YH, Li XZ. วิธีการกำจัด rRNA แบบใหม่สำหรับการจัดลำดับ RNA ทั้งหมดและการสร้างโปรไฟล์ไรโบโซมที่พัฒนาสำหรับสายพันธุ์นก [J] Poultry Science, 2021, 100(7): 101321. DOI:10.1016/j.psj.2021.101321.