İçin idealdir rRNA'nın çıkarılması Ve mRNA kapatma verimlilik tespiti!
Termostabil RNase H, olağanüstü ısı direnciyle, hem özgüllük hem de verimlilik açısından normal RNase H'den daha üstündür!
RNase H'ye Giriş
E. coli RNase H (E. coli Ribonükleaz H), RNA-DNA hibrit zincirlerinin RNA bileşenini özel olarak parçalayan bir enzimdir. DNA şablonunun bütünlüğünü ve kararlılığını korumak için RNA zincirini keserek DNA replikasyonu, onarımı ve transkripsiyonu gibi süreçlerde hayati bir rol oynar. Bu, cDNA sentezi, rRNA çıkarılması ve RNA interferans çalışmaları dahil olmak üzere moleküler biyoloji deneylerinde yaygın olarak kullanılmasını sağlar. Ancak, E. coli RNase H'nin bazı sınırlamaları vardır:
- Tek zincirli RNA veya DNA'nın nonspesifik olarak parçalanmasına neden olarak deneysel sonuçların doğruluğunu azaltabilir.
- Zayıf termal kararlılığı, yüksek sıcaklıklarda aktivitesini sürdürmesini engeller ve bu da yüksek sıcaklık gerektiren yüksek sıcaklıktaki ters transkripsiyon veya PCR gibi deneyler için uygunsuz hale getirir.
Bu eksiklikler araştırmacıları, uygulamalarını genişletmek ve deneysel verimliliği artırmak amacıyla termostabil RNase H geliştirmeye yöneltmiştir.
Şekil 1: RNase H Mekanizması
Thermus thermophilus'tan termostabil RNase H
Thermus thermophilus'tan türetilen termostabil RNase H, E. coli RNase H'nin bir homologudur ve benzer ribonükleaz işlevlerine sahiptir. RNA:DNA hibritlerinde RNA ipliğinin fosfodiester bağlarını hassas bir şekilde belirler ve etkili bir şekilde keserken DNA ipliğinin bütünlüğünü korur. Derinlemesine yapısal analiz, genel kararlılık dağılımının E. coli RNase H'ye benzemesine rağmen, T. thermophilus RNase H'nin hem genel kararlılık hem de yerel kalıntı kararlılığında önemli gelişmeler gösterdiğini ortaya koymaktadır.
65°C'nin üzerinde optimum aktivite sıcaklığı ile Thermostable RNase H, daha yüksek reaksiyon sıcaklıklarında gelişmiş özgüllük ve verimlilik sunarak, özgül olmayan bölünmeyi en aza indirir. Bu özellik, moleküler biyoloji deneylerinde, aşağıdakiler de dahil olmak üzere, muazzam potansiyelini açığa çıkarır:
- rRNA'nın çıkarılması
- mRNA kapatma oranı tespiti
- Poli(dT) ile melezlenen mRNA poli(A)'nın çıkarılması
- cDNA ikinci zincir sentezi sırasında mRNA'nın çıkarılması
- Yüksek sıcaklıktaki ters transkripsiyon, izotermal amplifikasyon ve PCR deneylerinde geliştirilmiş amplifikasyon verimliliği
![Figure 2: Three-Dimensional Structure Comparison of Thermostable RNase H and E. coli RNase H [1]](https://cdn.shopify.com/s/files/1/0803/9419/1166/files/2_05d0884a-560e-4219-b16e-50c907eb4cbe_1024x1024.png?v=1742461692)
Şekil 2: Termostabil RNase H ve E. coli RNase H'nin Üç Boyutlu Yapı Karşılaştırması [1]
UCF.BEN™Termostabil RNase H (Cat14545)
Termostabil RNase H, metagenomik dizilemede (mNGS) ve patojen hedefli dizilemede (tNGS) rRNA çıkarılması gibi patojen tespit deneylerinde sıklıkla kullanılır. Enzimdeki kalan konak veya arka plan bakteri nükleik asitleri tespit doğruluğunu önemli ölçüde tehlikeye atabilir. Bunu ele almak için, Yeasen Biyografiteknoloji UCF.ME'yi tanıtıyor™ Termostabil RNase H (Cat14545), tescilli UCF.ME kullanılarak geliştirildi™ ultra temiz proses teknolojisi. UCF.ME'de üretildi™ Ultra temiz moleküler enzim tesisinde, bu ürün malzeme seçiminden çevre yönetimine, proses optimizasyonundan testlere kadar sıkı bir kalite kontrolünden geçirilir ve böylece minimum düzeyde arka plan bakteriyel gDNA ve nükleaz kalıntısı garanti altına alınır.Bu, doğru, güvenilir ve tekrarlanabilir deneysel sonuçları garanti eder.
Ürün Avantajları:
- Yüksek aktivite ve partiden partiye mükemmel tutarlılık
- Son derece düşük konak gDNA kalıntısı: <0,02 Kopya/U
- Ekzonükleaz, endonükleaz veya RNaz kalıntısı yok
- Üstün kararlılık: 4°C'de 32 gün, 25°C'de 16 gün veya 37°C'de 7 gün sonra enzim aktivitesinde önemli bir kayıp yok
UCF.ME'nin Performans Sergisi™ Termostabil RNase H (Cat14545)
1. Yüksek Aktivite ve Parti Tutarlılığı
Üç parti UCF.ME™ Termostabil RNase H, RNA:DNA substratlarıyla inkübe edildi ve bant değişiklikleri agar jel elektroforezi yoluyla analiz edildi. Sonuçlar, bu enzimin sadece 0,05 U'sunun, RNA'yı 20 pmol RNA:DNA substratlarında etkili bir şekilde parçaladığını ve partiden partiye mükemmel tutarlılık sağladığını, bu da kararlılığını ve güvenilirliğini vurgulamaktadır.
Şekil 3: UCF.ME'nin Aktivite Algılama Sonuçları™ Termostabil RNase H
Not: Reaksiyon koşulları: 20 dakika boyunca 50°C; RNA:DNA substratı – 20 pmol
2. Düşük Konak gDNA Kalıntısı: <0,02 Kopya/U
Birden fazla partide konak (E. coli) gDNA kalıntısı testi, UCF.ME'nin üç partisinin de™ Termostabil RNase H'nin kalıntı seviyeleri 0,02 Kopya/U'nun çok altındadır, bu da yüksek saflık ve deneysel güvenilirliği garanti eder.
Şekil 4: UCF.ME'nin konak gDNA Kalıntı Sonuçları™ Termostabil RNase H
3. Ekzonükleaz, Endonükleaz veya RNaz Kalıntısı Yok
25 UCF.ME Üniversitesi ™ Termostabil RNase H, nükleik asit substratları ile inkübe edildi ve bant değişiklikleri agar jel elektroforezi ile değerlendirildi. Üç partiden hiçbirinde ekzonükleaz, endonükleaz veya RNase kalıntısı tespit edilmedi ve bu da sonuç doğruluğu ve güvenilirliği için güçlü bir güvence sağladı.
Şekil 5: UCF.ME'de Ekzonükleaz, Endonükleaz ve RNaz Kalıntılarının Tespit Sonuçları™ Termostabil RNase H
4. Mükemmel Stabilite
UCF.BEN™ Termostabil RNase H, 4°C'de 32 gün, 25°C'de 16 gün ve 37°C'de 7 gün olmak üzere stabilite testlerine tabi tutuldu. Enzim aktivitesi ölçümleri önemli bir düşüş göstermedi ve bu da geniş bir sıcaklık aralığında olağanüstü stabilitesini ve uzun süreli depolama ve çeşitli deneysel koşullar için uygunluğunu kanıtladı.
Şekil 6: UCF.ME'nin Hızlandırılmış Stabilite Sonuçları™ Termostabil RNase H
Önerilen İlgili Ürünler
| Kaynak | Ürün Adı | Kedi NO. |
| T. termofilus | 14545ES | |
| E.koli basili | 12906ES |
Referanslar
1. Hollien J, Marqusee S. Termofilik bir enzimde kararlılığın yapısal dağılımı [J]. Ulusal Bilimler Akademisi Bildirileri, 1999, 96(24): 13674-13678.
2. Wolf EJ, Dai N, Chan SH. DNA Probu Yönlendirilmiş Zenginleştirme ile mRNA 5'Uç Kapatmanın Seçici Karakterizasyonu [J]. [2025-03-03].
3. Gu H, Sun YH, Li XZ. Kuş türleri için geliştirilen toplam RNA dizilimi ve ribozom profili için yeni rRNA tükenme yöntemleri [J]. Poultry Science, 2021, 100(7): 101321. DOI:10.1016/j.psj.2021.101321.