포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 시료는 생의학 연구 및 임상 진단 분야에서 매우 귀중한 자원입니다. 보존된 종양 조직과 희귀 임상 사례의 방대한 자료를 바탕으로 FFPE 시료는 과거 병리학적 특징과 분자적 특징을 파악할 수 있는 창을 제공합니다. 그러나 이러한 시료를 내구성 있게 고정하고 보관하는 방식 자체가 심각한 문제를 야기합니다. FFPE 시료에서 추출한 DNA는 종종 분해되고, 가교 결합되며, 심하게 단편화되어 차세대 시퀀싱(NGS)을 위한 고품질 라이브러리를 생성하기 어렵습니다.
최근 몇 년 동안 FFPE 자료에서 유전체적 통찰력을 추출하려는 수요가 급증했는데, 특히 암 유전체학, 바이오마커 발굴, 그리고 후향적 임상 연구 분야에서 수요가 급증했습니다. 그러나 여전히 병목 현상은 남아 있습니다. 손상된 FFPE 자료에서 사용 가능한 DNA를 어떻게 회수할 것인가 하는 문제입니다.
효율적인 DNA 복구 기술이 바로 이 부분에서 중요한 역할을 합니다. 고정 과정에서 발생하는 손상(예: 닉, 무염기 부위, 가교 결합)을 해결함으로써 이러한 복구 솔루션은 DNA 무결성을 복원하고, 단편 품질을 개선하며, 라이브러리 준비 성공률을 획기적으로 높일 수 있습니다 . 적절한 도구를 사용하면 심하게 분해된 FFPE DNA조차도 신뢰할 수 있고 높은 커버리지의 NGS 데이터를 얻을 수 있으며, 한때 "사용할 수 없었던" 샘플을 게놈 금광으로 탈바꿈시킬 수 있습니다.
FFPE 수리 시약의 가치 잠금 해제
이러한 DNA 손상을 극복하기 위해 라이브러리 제작 전 DNA 복구가 필수적이 되었습니다. 이러한 필요성을 인지한 Yeasen은 Hieff NGS ™ FFPE DNA 복구 시약(Cat#12606ES)을 개발했습니다. 이 시약은 FFPE로 인한 일반적인 DNA 손상을 복구하도록 특별히 제조된 최적화된 효소 혼합물입니다. 이 시약은 서열 편향 없이 저품질 FFPE 샘플에서 라이브러리 수율을 크게 향상시켜 NGS 라이브러리 제작의 전반적인 성공률을 높이는 것으로 검증되었습니다.
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손상 유형 |
수리 능력 |
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시토신의 우라실로의 탈아미노화 |
✔ 수리됨 |
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흠집과 틈 |
✔ 수리됨 |
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산화된 염기 |
✔ 수리됨 |
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3'-말단 막힘 |
✔ 수리됨 |
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분열 |
✘ 수리되지 않음 |
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DNA-단백질 가교 |
✘ 수리되지 않음 |
저품질 FFPE 샘플의 향상된 라이브러리 수율
비교 실험에서, 동일한 샘플에서 추출한 FFPE DNA를 라이브러리 구축의 말단 복구 및 A-테일링 단계에서 복구 시약을 첨가한 경우와 첨가하지 않은 경우로 처리했습니다. 결과는 명확했습니다. FFPE 복구 시약은 품질이 낮은 FFPE 샘플의 라이브러리 수율을 크게 향상시켰습니다. 반면, 고품질 샘플에서는 차이가 미미하여, 이 시약이 손상되지 않은 입력 DNA에는 영향을 미치지 않으면서 손상된 DNA에만 효과가 있음을 시사했습니다.
강력한 손상 특화 복구 성능과 표준 NGS 워크플로우와의 호환성을 갖춘 Hieff NGS TM FFPE DNA 복구 시약은 FFPE 샘플의 잠재력을 최대한 활용하여 저하된 임상 아카이브를 되살려 게놈 발견에 활용합니다.
그림 1. FFPE DNA 복구 시약의 성능 및 안정성
관련 상품
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범주 |
이름 |
카탈로그 번호 |
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FFPE 수리 |
12606ES |
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DNA 라이브러리 준비 NGS를 위해 |
12927ES |
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12972ES |
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12316ES |
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DNA 라이브러리 준비 TGS용 |
13301ES |