直接 PCR,无需提取

直接PCR是直接利用血液、动物或植物组织等进行扩增的反应,不需要进行核酸提取和核酸纯化的步骤。它为DNA扩增带来了前所未有的便利,可以节省大量时间。那么直接PCR所用的试剂和产品有哪些呢?

1. 什么是直接 PCR
2. 直接 PCR 需要哪些试剂
3. Direct PCR Kit应用场景及特点
4. 产品数据
5. 客户反馈
6. 产品订购信息

1. 什么是直接 PCR

PCR技术经过全球无数学者的不断补充和完善,已经成为整个生命科学领域应用最广泛、使用最频繁、最重要的基础研究方法。在传统PCR技术的广泛应用基础上发展起来的Touch Down PCR、RT-PCR、Real-Time PCR、Multi PCR等,以及最新的Digital PCR(数字PCR),极大地丰富了广大科研人员的研究。这些方法大大加速了现代生命科学特别是分子生物学的发展,为全人类生命和自然的研究做出了巨大的贡献。传统PCR技术以及由此衍生的各种新技术、新应用,都有一个前提条件,即需要事先获得高纯度的核酸模板。任何生物样本都需要经过一系列复杂繁琐的样本处理,才能获得符合PCR技术要求的核酸样本。DNA和RNA的分离提取一直是相关科技人员每天需要重复的基础工作。由于样本间的巨大差异,DNA和RNA的分离提取过程也有很大差异,这项工作对操作人员的技术熟练程度有很高的要求。由于传统的分离提取技术中会用到一些剧毒的化学试剂,长期接触会对操作人员的身体造成不可逆的伤害,甚至在实验过程中造成直接伤害。苯酚、氯仿等化学试剂是实验室中的重要致癌物,而植物组织核酸分离提取过程中使用的液氮由于温度极低,对实验过程中操作人员的安全威胁较大。同时,对于有大量样本需要研究的人来说,分离提取核酸是一项劳动密集型的工作。现在市面上的核酸分离提取试剂盒已经成熟,品牌众多,但都大同小异,无论是硅胶膜柱离心试剂盒还是磁珠法试剂盒,都需要花费大量的时间,成本也较高。除了试剂盒成本外,对实验室设备也有特殊要求。磁珠法所用的自动化工作站就是非常典型的大型高值设备,对实验室来说是一笔巨大的开支。综上所述,在进行PCR实验前,样本预处理是科研人员无法回避、不断头疼的问题。如何解决这个问题,不需分离提取核酸,直接进行PCR实验,一直是很多科研人员和临床检验人员一直在思考的问题。

直接 PCR 是一种无需提取核酸,直接利用动物或植物组织进行扩增的反应。直接 PCR 的工作原理与传统 PCR 类似。主要区别在于直接PCR使用的定制缓冲液。样本无需提取核酸即可直接进行PCR反应,但对直接PCR反应中涉及的酶的耐受性和缓冲液的相容性都有相应的要求。虽然常见样本中PCR抑制剂或多或少,但直接PCR在酶和缓冲液的作用下,依然可以实现可靠的扩增。但传统PCR反应需要采用高质量的核酸作为反应的模板,如果模板中含有蛋白质等杂质,则会抑制PCR反应的顺利进行。

直接PCR最早的应用领域是动植物领域,如小鼠、猫、鸡、兔、羊、牛等动物的血液、组织、毛发;植物的叶片、种子等。用于研究基因分型、转基因、质粒检测、基因敲除分析、DNA来源鉴定、物种鉴定、SNP分析等领域。这些领域有一些共同的特点,就是目的基因含量比较高,核酸提取比较麻烦,因此直接PCR不仅可以节省时间,对结果影响小,还可以节省成本。

2. 直接 PCR 需要哪些试剂

2.1 样品裂解液

样本裂解液可自行配制或购买,不同品牌的裂解液成分差异会造成裂解能力不同,进而裂解时间也会略有不同,例如动物组织样本的制备一般建议裂解30分钟或过夜,病毒的裂解液则为3-10分钟。

2.2 PCR 预混液

建议使用热启动DNA聚合酶来增强特异性扩增和更强的扩增能力。直接PCR的核心是高抗性的聚合酶。

2.3 去除或抑制样本中影响DNA扩增的成分

样本经过裂解液处理后,会释放出蛋白质、脂质等细胞碎片,这些物质会抑制PCR反应,因此直接PCR需要加入相应的去除或抑制剂,以减少这些因素的影响。

3. Direct PCR Kit应用场景及特点

直接 PCR 试剂盒 Yeasen 可直接扩增植物、动物组织或血液等原始样本,无需进行核酸纯化,大大简化了PCR实验流程。以未经基因组纯化的原始样本(图1A)或其裂解物(图1B)为模板进行PCR-based Genotyping(图1)。与一般的PCR-based Genotyping相比,直接PCR试剂盒样品消耗少,操作简单,实验成本低,可获得高质量的定量样本检测。

Figure 1. Direct PCR technology.

图 1.直接 PCR 技术。

A.直接法:取少量样本直接加入PCR Mix中进行PCR鉴定。B.裂解法:将样本加入裂解液中释放基因组,取少量裂解上清加入PCR Mix中进行PCR鉴定。

3.1 应用

动物基因扩增检测、转基因动物基因分型、转基因植物鉴定、植物基因分型等。

3.2 特点

★   直接:无需 DNA 纯化;
★   快速:10分钟完成模板制备,50分钟完成PCR反应;
★   简单:无需剪切或研磨即可裂解样品;
PCR Mix 采用主混合物的形式,减少了样品添加步骤
★   节省:减少材料消耗
★   高通量:裂解反应可在96孔板中完成
★   强抑制剂耐受性

4. 产品数据

4.1 多动物通用型:动物组织直接PCR试剂盒

4.1.1最快:缩短手术时间

Figure 2. An animal tissue direct PCR kit from Yeasen could save more time.

图 2. 来自 Yeasen 可以节省更多时间。

4.1.2 示例:基因敲除小鼠的基因型鉴定

Figure 3. The results of direct amplification of animal tissue direct PCR kit for detection of gene knockout animals.

图3.动物组织直接PCR试剂盒检测基因敲除动物的直接扩增结果。

M:100bp DNA ladder。1-8泳道:以裂解物为模板。+:以50 ng纯化基因组DNA为模板。﹣:以去离子水为模板。循环数:35个循环。单片段(580bp):敲除动物纯合基因组。单片段(180bp):野生型基因组。2个片段(580bp/180bp):敲除动物杂合基因组。

4.2 啮齿类动物专用:小鼠组织直接 PCR 试剂盒

4.2.1 更快:足够的基因释放

Figure 4 Direct amplification results of mouse tissue direct PCR kit with different lysis times.

图4 小鼠组织直接PCR试剂盒不同裂解时间的直接扩增结果。

M:100bp DNA ladder。+:50ng纯化的基因组DNA作为模板。循环数:35个循环。

4.2.2 优于一般碱裂解法

Figure 5. SOX21 gene amplification results of mouse tail treated with different lysis methods.

图5. 不同裂解方法处理的小鼠尾部SOX21基因扩增结果。

M:100bp DNA ladder。1-2泳道:以一般碱裂解法裂解的裂解物为模板。3-4泳道:以小鼠组织直接PCR试剂盒裂解的裂解物为模板。+:以50ng纯化基因组DNA为模板。-:以去离子水为模板。循环数:35个循环。

4.2.3 与同类产品比较

Figure 6. SOX21 gene amplification results of mouse tail treated with similar products from different brands.

图6.不同品牌同类产品处理小鼠尾部SOX21基因扩增结果。

M:100 bp DNA ladder。+:50 ng纯化的基因组DNA作为模板。循环数:35个循环。

4.3 植物组织直接PCR试剂盒

4.3.1 多类型植物样品验证

Figure 7. Results of direct amplification of leaves from different plants.

图7.不同植物叶子直接扩增的结果。

M:100 bp DNA 梯状图。C:纯化的基因组 DNA 作为模板。1-2泳道:以叶组织裂解物为模板。循环数:30个循环。

5. 客户反馈

5.1 小鼠基因分型

Figure 8. The results of mouse genotype identification using mouse tissue direct PCR kit by users from Beijing Jishi Life Technology Co., Ltd.

图8.北京吉实生命科技有限公司用户使用小鼠组织直接PCR试剂盒进行小鼠基因型鉴定结果。

5.2 水稻直接 PCR

Figure 9. Amplification of rice-related genes using plant tissue direct PCR kits by users of Huazhong Agricultural University.

图9.华中农业大学用户利用植物组织直接PCR试剂盒扩增水稻相关基因。

6. 产品订购信息

Yeasen 是一家从事分子、蛋白质、细胞三大生物试剂研发、生产和销售的生物技术公司。 Yeasen 如下。

表 1. 产品订购信息

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