直接 PCR,无需提取
直接PCR是直接利用血液、动物或植物组织等进行扩增的反应,不需要进行核酸提取和核酸纯化的步骤。它为DNA扩增带来了前所未有的便利,可以节省大量时间。那么直接PCR所用的试剂和产品有哪些呢?
1. 什么是直接 PCR
2. 直接 PCR 需要哪些试剂
3. Direct PCR Kit应用场景及特点
4. 产品数据
5. 客户反馈
6. 产品订购信息
1. 什么是直接 PCR
PCR技术经过全球无数学者的不断补充和完善,已经成为整个生命科学领域应用最广泛、使用最频繁、最重要的基础研究方法。在传统PCR技术的广泛应用基础上发展起来的Touch Down PCR、RT-PCR、Real-Time PCR、Multi PCR等,以及最新的Digital PCR(数字PCR),极大地丰富了广大科研人员的研究。这些方法大大加速了现代生命科学特别是分子生物学的发展,为全人类生命和自然的研究做出了巨大的贡献。传统PCR技术以及由此衍生的各种新技术、新应用,都有一个前提条件,即需要事先获得高纯度的核酸模板。任何生物样本都需要经过一系列复杂繁琐的样本处理,才能获得符合PCR技术要求的核酸样本。DNA和RNA的分离提取一直是相关科技人员每天需要重复的基础工作。由于样本间的巨大差异,DNA和RNA的分离提取过程也有很大差异,这项工作对操作人员的技术熟练程度有很高的要求。由于传统的分离提取技术中会用到一些剧毒的化学试剂,长期接触会对操作人员的身体造成不可逆的伤害,甚至在实验过程中造成直接伤害。苯酚、氯仿等化学试剂是实验室中的重要致癌物,而植物组织核酸分离提取过程中使用的液氮由于温度极低,对实验过程中操作人员的安全威胁较大。同时,对于有大量样本需要研究的人来说,分离提取核酸是一项劳动密集型的工作。现在市面上的核酸分离提取试剂盒已经成熟,品牌众多,但都大同小异,无论是硅胶膜柱离心试剂盒还是磁珠法试剂盒,都需要花费大量的时间,成本也较高。除了试剂盒成本外,对实验室设备也有特殊要求。磁珠法所用的自动化工作站就是非常典型的大型高值设备,对实验室来说是一笔巨大的开支。综上所述,在进行PCR实验前,样本预处理是科研人员无法回避、不断头疼的问题。如何解决这个问题,不需分离提取核酸,直接进行PCR实验,一直是很多科研人员和临床检验人员一直在思考的问题。
直接 PCR 是一种无需提取核酸,直接利用动物或植物组织进行扩增的反应。直接 PCR 的工作原理与传统 PCR 类似。主要区别在于直接PCR使用的定制缓冲液。样本无需提取核酸即可直接进行PCR反应,但对直接PCR反应中涉及的酶的耐受性和缓冲液的相容性都有相应的要求。虽然常见样本中PCR抑制剂或多或少,但直接PCR在酶和缓冲液的作用下,依然可以实现可靠的扩增。但传统PCR反应需要采用高质量的核酸作为反应的模板,如果模板中含有蛋白质等杂质,则会抑制PCR反应的顺利进行。
直接PCR最早的应用领域是动植物领域,如小鼠、猫、鸡、兔、羊、牛等动物的血液、组织、毛发;植物的叶片、种子等。用于研究基因分型、转基因、质粒检测、基因敲除分析、DNA来源鉴定、物种鉴定、SNP分析等领域。这些领域有一些共同的特点,就是目的基因含量比较高,核酸提取比较麻烦,因此直接PCR不仅可以节省时间,对结果影响小,还可以节省成本。
2. 直接 PCR 需要哪些试剂
2.1 样品裂解液
样本裂解液可自行配制或购买,不同品牌的裂解液成分差异会造成裂解能力不同,进而裂解时间也会略有不同,例如动物组织样本的制备一般建议裂解30分钟或过夜,病毒的裂解液则为3-10分钟。
2.2 PCR 预混液
建议使用热启动DNA聚合酶来增强特异性扩增和更强的扩增能力。直接PCR的核心是高抗性的聚合酶。
2.3 去除或抑制样本中影响DNA扩增的成分
样本经过裂解液处理后,会释放出蛋白质、脂质等细胞碎片,这些物质会抑制PCR反应,因此直接PCR需要加入相应的去除或抑制剂,以减少这些因素的影响。
3. Direct PCR Kit应用场景及特点
直接 PCR 试剂盒
图 1.直接 PCR 技术。
A.直接法:取少量样本直接加入PCR Mix中进行PCR鉴定。B.裂解法:将样本加入裂解液中释放基因组,取少量裂解上清加入PCR Mix中进行PCR鉴定。
3.1 应用
动物基因扩增检测、转基因动物基因分型、转基因植物鉴定、植物基因分型等。
3.2 特点
★ 直接:无需 DNA 纯化;
★ 快速:10分钟完成模板制备,50分钟完成PCR反应;
★ 简单:无需剪切或研磨即可裂解样品;
PCR Mix 采用主混合物的形式,减少了样品添加步骤
★ 节省:减少材料消耗
★ 高通量:裂解反应可在96孔板中完成
★ 强抑制剂耐受性
4. 产品数据
4.1 多动物通用型:动物组织直接PCR试剂盒
4.1.1最快:缩短手术时间
图 2. 来自
4.1.2 示例:基因敲除小鼠的基因型鉴定
图3.动物组织直接PCR试剂盒检测基因敲除动物的直接扩增结果。
M:100bp DNA ladder。1-8泳道:以裂解物为模板。+:以50 ng纯化基因组DNA为模板。﹣:以去离子水为模板。循环数:35个循环。单片段(580bp):敲除动物纯合基因组。单片段(180bp):野生型基因组。2个片段(580bp/180bp):敲除动物杂合基因组。
4.2 啮齿类动物专用:小鼠组织直接 PCR 试剂盒
4.2.1 更快:足够的基因释放
图4 小鼠组织直接PCR试剂盒不同裂解时间的直接扩增结果。
M:100bp DNA ladder。+:50ng纯化的基因组DNA作为模板。循环数:35个循环。
4.2.2 优于一般碱裂解法
图5. 不同裂解方法处理的小鼠尾部SOX21基因扩增结果。
M:100bp DNA ladder。1-2泳道:以一般碱裂解法裂解的裂解物为模板。3-4泳道:以小鼠组织直接PCR试剂盒裂解的裂解物为模板。+:以50ng纯化基因组DNA为模板。-:以去离子水为模板。循环数:35个循环。
4.2.3 与同类产品比较
图6.不同品牌同类产品处理小鼠尾部SOX21基因扩增结果。
M:100 bp DNA ladder。+:50 ng纯化的基因组DNA作为模板。循环数:35个循环。
4.3 植物组织直接PCR试剂盒
4.3.1 多类型植物样品验证
图7.不同植物叶子直接扩增的结果。
M:100 bp DNA 梯状图。C:纯化的基因组 DNA 作为模板。1-2泳道:以叶组织裂解物为模板。循环数:30个循环。
5. 客户反馈
5.1 小鼠基因分型
图8.北京吉实生命科技有限公司用户使用小鼠组织直接PCR试剂盒进行小鼠基因型鉴定结果。
5.2 水稻直接 PCR
图9.华中农业大学用户利用植物组织直接PCR试剂盒扩增水稻相关基因。
6. 产品订购信息
表 1. 产品订购信息
产品名称 | 猫# | 尺寸 |
2× Hieff™ Ultra-Rapid II HotStart PCR Master Mix(菌落直接 PCR) | 10167ES | 1毫升/5毫升 |
小鼠组织直接 PCR 试剂盒(含染料) | 10185ES | 50吨/200吨 |
植物组织直接 PCR 试剂盒(含染料) | 10187ES | 50吨/200吨 |
血液高级直接 PCR 试剂盒(含染料) | 10188ES | 20/50/100/500吨 |
小鼠组织/细胞裂解试剂 | 19697ES | 50吨/200吨 |